http://hdl.handle.net/10498/17618 2026-11-05T01:15:50Z http://hdl.handle.net/10498/33091 Identificación de elementos transponibles y DNA satélite en fases larvarias del lenguado Solea Senegalensis Sogorb Sánchez de la Campa, José Salek En las últimas décadas ha aumentado el interés por el estudio de los elementos repetitivos de los genomas, tales como transposones y el ADN satélite, debido a sus implicaciones tanto evolutivas como biotecnológicas. En los vertebrados han tenido un gran impacto, al estar implicados en procesos clave, como son, entre otros, las reorganizaciones cromosómicas y la regulación transcripcional. Con el avance de las tecnologías de secuenciación masiva (NGS, Next Generation Sequencing) se han obtenido una gran cantidad de datos y de calidad, lo que ha permitido explotar este campo de la genómica, dando paso al estudio del llamado repitoma, comprendiendo todos los elementos repetidos de un genoma. Gracias a estas tecnologías NGS, se han obtenido datos de transcriptoma de la especie de alta calidad, procedentes de la secuenciación del ARN (análisis RNA-seq) del lenguado senegalés Solea senegalensis, que es la especie de estudio del presente TFG. Este pez plano presenta un alto valor comercial y por tanto el estudio de su expresión genómica contribuye de manera especial en el desarrollo y planificación de los programas de mejora genética de dicha especie. En este trabajo se utilizó el software RepeatExplorer2, de la plataforma de estudios genómico Galaxy, el cual identifica y agrupa el ADN repetido mediante la creación de grupos o clústeres de lecturas, tanto ADN satélite como transposones, por un método basado en grafos, con el objetivo de analizar y anotar los elementos repetidos destacados en S. senegalensis. En el presente estudio se analizaron dos fases larvarias distintas, una correspondiente al tercer día tras la fecundación y otra al día 40 con tres réplicas para cada estadío. Además, se realizó un análisis comparativo de la presencia de elementos repetitivos de ambas fases, con el objetivo de tener una mejor aproximación de cómo evoluciona la expresión de elementos repetitivos en el transcriptoma conforme avanza el desarrollo larvario del lenguado senegalés. Adicionalmente se mapearon las principales familias de transposones obtenidas en el estudio de interés sobre el genoma de S. senegalensis. Por último, se llevó a cabo un análisis de expresión diferencial mediante la cuantificación de las lecturas de RNA-seq de cada fase mediante su mapeo sobre una base de datos local de familias de elementos transponibles obtenidos en estudios previos de la propia especie, completando así el análisis de expresión de elementos transponibles en las primeras fases de desarrollo del lenguado senegalés. Se obtuvieron 16 clústeres de elementos repetidos destacados, localizados en 7 cromosomas diferentes, concentrados 3 de ellos en el cromosoma 8. Además, se observa una atenuación de la expresión de los elementos LTR de la familia Gypsy y Bel/Pao, conforme avanza el desarrollo en los primeros estadíos larvarios del lenguado senegalés. Por otro lado, se observa un aumento de la expresión de retroelementos LINEs y de la familia Rex/Babar, implicados en la diferenciación sexual, lo cual podría indicar una posible relación con el momento en el que empieza este proceso en S. senegalensis. 2024-07-31T00:00:00Z http://hdl.handle.net/10498/32903 Análisis y comparación de las secuencias codificantes de la Telomerasa en animales vertebrados Posada Infantes, María La Telomerasa es una holoenzima encargada de añadir secuencias de ADN en los extremos de los cromosomas para contrarrestar el acortamiento de los telómeros debido al problema de replicación final y para evitar que las células entren en un estado de senescencia demasiado prematuro. La telomerasa se compone de dos partes, una parte proteica con actividad transcriptasa inversa (TERT), que es la subunidad catalítica, y el componente de ARN (TERC) que contiene la plantilla que dirige la síntesis de ADN. La subunidad TERT, que es en la que nos centraremos en este trabajo, se compone de 4 dominios proteicos principales: NTE, TRBD, RT y CTE. Esta enzima está ganando relevancia en la actualidad ya que está implicada en diversas enfermedades relacionadas con el envejecimiento y además tiene un papel importante en el cáncer. La telomerasa no está prácticamente presente en los seres humanos en la edad adulta, ya que después de la gestación se silencia en las células somáticas, sin embargo, en otros animales no es así lo que dota a estos de un gran potencial regenerativo. Por estos dos motivos los estudios de la telomerasa han aumentado considerablemente en las últimas décadas ya que esta enzima puede ser de gran utilidad para conocer mejor procesos como la proliferación y la senescencia celular. Viendo la importancia que tiene la telomerasa y su variabilidad entre los distintos grupos de vertebrados, creemos que es relevante hacer un análisis comparativo de sus secuencias, tanto de nucleótidos como de aminoácidos, para poder encontrar las similitudes y diferencias en el gen entre las distintas especies y así poder ver las regiones conservadas además de las relaciones evolutivas entre ellas. Tras las comparaciones hechas en este trabajo con distintos programas de alineamiento de secuencias, hemos comprobado que los peces son los que tienen más diferencias en sus secuencias respecto al resto de grupos de vertebrados y también los que más diferencias presentan intragrupo. Los más similares son las aves y los reptiles, lo que concuerda con las teorías de la evolución y las escalas de tiempo molecular. En relación con los dominios de la telomerasa vemos que el dominio N-terminal no está tan conservado entre especies, sin embargo, los dominios C-terminal, de unión a ARN (TRBD) y de retro transcriptasa inversa (RT) sí que están muy conservados en todas las especies. Estos resultados nos dan pistas de cuáles son las regiones más importantes y también de qué regiones pueden cumplir funciones específicas de cada especie o de cada grupo animal, pero son necesarios más estudios para terminar de dilucidar las funciones de cada dominio, así como de la posible utilidad terapéutica de la telomerasa. 2024-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/10498/32876 Aplicación y uso de células mesenquimales en medicina regenerativa y terapia celular Conforto Álvarez, Miriam Las células madre mesenquimales se tratan de un tipo específico de célula madre, contenidas dentro de la clasificación de células madre multipotentes. Presentan una gran cantidad de ventajas, las cuales las hacen candidatas óptimas para su uso a nivel de terapia y tratamiento de distintas enfermedades. Entre sus propiedades cabe destacar su capacidad de diferenciación a una amplia variedad de linajes celulares, además de su función inmunomoduladora y homeostática. Adicionalmente, estas células se obtienen de diversas fuentes, lo cual las hace muy versátiles. Gracias a todas estas propiedades que presentan, se están llevando a cabo muchos avances médicos en campos como por ejemplo el tratamiento de enfermedades del sistema musculoesquelético, donde se emplean para la osteonecrosis o la osteoartritis. Por otro lado, se estudia también su uso en el sistema nervioso, ya que tienen una importante función en procesos de regeneración de neuronas, tratando enfermedades como el Alzheimer o el Parkinson. Cabe destacar, una de sus aplicaciones más relevantes y conocidas que es el tratamiento de enfermedades cardiovasculares, gracias a sus propiedades de diferenciación y autorrenovación, son óptimas para tratar miocardiopatías o accidentes cerebrovasculares. En los últimos años se ha estudiado también su uso para revertir procesos de envejecimiento celular, está aplicación es de una gran relevancia ya que podría ayudar a evitar el deterioro de ciertas partes del organismo y llevarlas de nuevo a su máximo funcionamiento. Las células madre mesenquimales, por tanto, son de una gran relevancia en los distintos campos médicos y es necesario que la investigación con ellas prosiga a fin de ver todas las distintas aplicaciones que pueden llegar a tener y sacarles el máximo potencial posible. En el presente trabajo se han abordado distintos aspectos relacionados con estas células, realizando una revisión bibliográfica en la que se han analizado sus características y mecanismos de acción, así como las aplicaciones actuales en medicina regenerativa.; Mesenchymal stem cells are a specific type of stem cell, included in the group of multipotent stem cells. They have numerous advantages, which make them optimal candidates for use in therapy and treatment of various diseases. Their properties include their ability to differentiate into a wide variety of cell lineages, as well as their immunomodulatory and homeostatic function. In addition, these cells can be obtained from a variety of sources, which makes them very versatile. Thanks to all these properties, many medical advances based on the application of these cells have been made, including their use as cellular treatment of diseases of the musculoskeletal system, such as osteonecrosis or osteoarthritis. On the other hand, their application in the treatment of pathologies associated to the nervous system is also being studied, as they have an important function in neuron regeneration processes, treating diseases such as Alzheimer's or Parkinson's. One of their most relevant and well-known applications is the treatment of cardiovascular diseases, thanks to their differentiation and self-renewal properties, they are ideal for treating cardiomyopathies or cerebrovascular accidents. In recent years, they have also been tested as an alternative to reverse cellular ageing processes; this application is of great relevance as it could help to prevent the deterioration of certain parts of the organism and bring them back to their maximum functioning. Mesenchymal stem cells, therefore, are of great relevance in different medical fields and it is necessary that research with them continues in order to see all the different applications they can have and to get the maximum possible potential out of them. In the current study, different aspects associated to mesenchymal stem cells have been addressed, from their characteristics and mechanisms of action, to their current applications as cell therapy in regenerative medicine. Las células mesenquimales (MSCs, del inglés mesenchymal stem/stromal cells) son células madre multipotentes con elevado potencial de autorrenovación y que pueden diferenciarse a varios tipos celulares. Tienen además capacidad inmunomoduladora, y se les asigna muchas veces una función fundamentalmente paracrina, mediante la liberación de diversos factores. Estas células se pueden aislar de distintas fuentes, incluyendo médula ósea, tejido adiposo, cordón umbilical o placenta, entre otros. Teniendo en cuenta estas propiedades, las MSCs están siendo utilizadas o testadas en ensayos clínicos aplicados a diversas enfermedades, incluyendo enfermedades autoinmunes, enfermedades neurodegenerativas, regeneración tisular dañado o en enfermedades cardiovasculares e isquémicas. En el presente trabajo se plantea realizar una revisión bibliográfica en torno a las células mesenquimales, sus características y mecanismos de acción, así como las aplicaciones actuales en medicina regenerativa. Adicionalmente, analiza conocimientos relacionados con el uso de células madre, en concreto el uso de células MSCs en regeneración de tejidos y otras aplicaciones, conceptos incluidos dentro de los contenidos del Grado en Biotecnología. 2024-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/10498/29426 Análisis de expresión de los marcadores moleculares de estrés oxidativo asociados a isquemia PLIN1 y RBPR4 Quintero de los Reyes, Juan Dentro del grupo de enfermedades cardiovasculares la aterosclerosis produce la mayoría de los eventos periféricos. La aterosclerosis está provocada por la acumulación de lípidos en las paredes de las arterias, provocando la oclusión de las mismas. La aterosclerosis no es solo una enfermedad metabólica, sino que conlleva procesos inflamatorios y de muerte celular. Entre las afecciones cardiovasculares, la isquemia crítica es una de las manifestaciones más graves y normalmente se encuentra agravada por otras patologías, como la obesidad o el tabaquismo. La isquemia crítica consiste en la ausencia total de flujo sanguíneo por la presencia de una placa de ateroma que ocluye la luz del vaso. Esta situación genera un desequilibrio en los niveles de especies reactivas de oxígeno conocido como estrés oxidativo. El desarrollo de técnicas permite conocer de forma cuantitativa el nivel de estrés oxidativo, fundamental para prevenir el agravamiento de la enfermedad. La identificación de proteínas o metabolitos que intervienen en la vía permite definir sitios de actuación. Para ello se analiza la expresión de los marcadores moleculares PLIN1 y RBPR4 en ratones desnudos inmunodeprimidos bajo una situación de arteriopatía periférica. Estos marcadores están relacionados con el estrés oxidativo que se produce como consecuencia de la reducción del flujo sanguíneo. Fue analizada la expresión de los citados marcadores mediante qPCR en tiempo real en: hígado, riñón, corazón, cerebro, pulmón y bazo. Tras un análisis comparativo de los tejidos se determinó que la expresión de PLIN1 en el hígado es inferior a la observada en el riñón, probablemente por la acción enzimática característica del hígado. Los altos resultados observados en el bazo se han relacionado con la acción inmunológica del órgano, ya que en condiciones de estrés oxidativo se produce un acúmulo de LDs en los monocitos del órgano. En el futuro es necesario ampliar el número de individuos y diversificar las variables de estudio como el tiempo tras la intervención o la relación con el proteoma de los individuos 2023-06-21T00:00:00Z