RT bachelor thesis
T1 Análisis de secuencias repetidas de ADN en el lenguado Solea senegalensis mediante tratamiento de datos procedentes de NGS (Next Generation Sequencing)
A1 Benítez Mateo, Álvaro
A2 Bioquímica y Biología MolecularMicrobiología, Medicina Preventiva, Salud Pública
K1 NGS
K1 Solea senegalensis
K1 RepeatExplorer
K1 Elementos repetitivos
K1 Genómica
K1 Transcriptómica
K1 Bioinformática
AB Los elementos repetitivos conforman un gran porcentaje del genoma de los seres vivos.Además, suponen un enorme impacto en la regulación génica, la inactivación y eliminación degenes, en la estructura cromosómica y en la evolución de los genomas. Por otra parte, el rápidodesarrollo de las tecnologías de secuenciación masiva de genomas permite obtener una grancantidad de información que ha de ser tratada con herramientas bioinformáticas para poder seranotada y organizada. Por todo ello, se han analizado cuatro paquetes de datos procedentes de lasecuenciación del transcriptoma de Solea senegalensis mediante la plataforma Galaxy-RepeatExplorer, siendo esta una especie de pez de gran importancia económica y que estásiendo estudiada a fin de solucionar los problemas que rodean su cría en cautividad.Los análisis de los datos han permitido obtener más de 2.500 clusters indicativos deposibles elementos repetitivos, de los cuales se han analizado los 32 más significativos. Así, sehan encontrado varios elementos que pueden constituir satélites y retrotransposones que no sehallaban en las bases de datos consultadas, mostrándose este como un sistema muy eficiente deidentificación y caracterización de posibles elementos repetitivos de novo en especies nomodelo. Además, una vez establecido el proceso, se ha generado un diagrama de trabajo oworkflow que recoge los diferentes pasos llevados a cabo con las herramientas disponibles en laplataforma Galaxy-RepeatExplorer para llegar a obtener los resultados mostrados.
YR 2018
FD 2018-09-05
LK http://hdl.handle.net/10498/20695
UL http://hdl.handle.net/10498/20695
LA spa
DS Repositorio Institucional de la Universidad de Cádiz
RD 08-nov-2026