RT bachelor thesis
T1 Identificación de elementos repetitivos del proto-cromosoma sexual (cromosoma 1) de Solea senegalensis mediante análisis de lecturas de ADN procedentes de técnicas de secuenciación masiva NGS (Next Generation Sequencing) de clones BACs
T2 Identification of repetitive elements in the proto-sexual chromosome (chromosome 1) of Solea senegalensis by analysis of BAC clones' DNA reads obtained from Next Generation Sequencing techniques
A1 Delgado Sánchez, Iván
A2 BiomedicinaBiotecnología y Salud Pública
K1 elemento repetitivo
K1 lenguado senegalés
K1 solea senegalensis
K1 solea
K1 lenguado
K1 identificación
K1 BAC
K1 cromosoma 1
K1 cromosoma sexual
K1 transposón
K1 satélite
K1 elemento transponible
K1 repeat explorer
K1 dfam
K1 BLAST
K1 sole
K1 repetitive
K1 next generation sequencing
K1 NGS
K1 454
K1 Illumina
K1 grafo
K1 transposon
K1 satellite
K1 SSR
K1 rex1
AB Las secuencias repetitivas son elementos muy presentes en el genoma de cualquier ser vivo. Susaplicaciones van desde marcadores genéticos empleados en taxonomía hasta implicacionesrelacionadas con la regulación y estructura del material genético. La gran variedad y presencia de estospatrones dificulta su estudio, pero gracias al uso de tecnologías de secuenciación masiva yherramientas bioinformáticas que procesan grandes cantidades de información, su análisis es cada vezmás sencillo.Recientemente se ha descrito el cromosoma 1 de Solea senegalensis como un proto-cromosoma sexualprocedente de una translocación Robertsoniana. Esta especie tiene una gran importancia económica enEspaña y el estudio de su reproducción es clave en su producción. Por todo ello, en este trabajo se hananalizado los paquetes de datos procedentes de la secuenciación de 14 BACs situados en estecromosoma con el fin de localizar elementos repetitivos en su secuencia. Para realizar esta búsquedase ha utilizado la plataforma RepeatExplorer de Galaxy. Se obtuvieron más de 1000 clusters conposibles secuencias repetitivas. Se seleccionaron los contigs de los 10 primeros clusters generados porel sistema para cada clon BAC y se usaron para buscar repeticiones en la base de datos Dfam.Los resultados obtenidos en esta plataforma se han utilizado para elaborar una base de datos propiacon las secuencias de los elementos transponibles localizados en el cromosoma 1 de S. senegalensis.Este archivo ha sido utilizado para comparar las repeticiones encontradas en los diferentes clusters ybuscar posibles relaciones entre ellos. Además, la base de datos recoge los numerosos elementosencontrados y permite utilizarse en proyectos futuros.
YR 2020
FD 2020-07
LK http://hdl.handle.net/10498/23516
UL http://hdl.handle.net/10498/23516
LA spa
DS Repositorio Institucional de la Universidad de Cádiz
RD 06-nov-2026