RT journal article
T1 A guide to carrying out a phylogenomic target sequence capture project
A1 Andermann, Tobias
A1 Torres Jiménez, María Fernanda
A1 Matos Maraví, Pável
A1 Batista, Romina
A1 Blanco Pastor, Jose Luis
A1 Gustafsson, A. Lovisa S.
A1 Kistler, Logan
A1 Liberal, Isabel M.
A1 Oxelman, Bengt
A1 Bacon, Christine D.
A1 Antonelli, Alexandre
A2 Biología
K1 anchored enrichmen
K1 bait
K1 high throughput sequencing
K1 Hyb-Seq
K1 llumina
K1 NGS
K1 molecular phylogenetics
K1 probe
AB El trabajo revisa el uso de la captura dirigida de secuencias (target sequence capture) como estrategia eficiente para generar grandes conjuntos multilocus en estudios filogenéticos. Frente a la secuenciación y anotación de genomas completos, esta aproximación permite focalizar el esfuerzo en loci previamente seleccionados, reduciendo costes y complejidad bioinformática, al tiempo que incrementa la cobertura y la calidad de los datos. La técnica ha demostrado su aplicabilidad a distintas escalas evolutivas y su capacidad para producir matrices robustas adecuadas para inferencias filogenómicas.El artículo propone un esquema operativo simplificado para el diseño de experimentos de captura dirigida, abordando decisiones críticas desde la selección de loci diana hasta el procesamiento bioinformático final. Se discuten aspectos clave como el alcance taxonómico del estudio, la calidad y tipo de las muestras disponibles, y la disponibilidad de recursos genómicos de referencia. Asimismo, se identifican desafíos técnicos frecuentes y se plantean soluciones prácticas para optimizar el éxito experimental.En conjunto, la revisión proporciona una guía metodológica estructurada que facilita la planificación y ejecución de estudios filogenéticos basados en captura dirigida, contribuyendo a estandarizar criterios de diseño en proyectos filogenómicos.
SN 1664-8021
YR 2020
FD 2020
LK http://hdl.handle.net/10498/38916
UL http://hdl.handle.net/10498/38916
LA eng
DS Repositorio Institucional de la Universidad de Cádiz
RD 06-nov-2026